Subjekti/skupine subjekata su dužni za službenu kontrolu pripremiti slijedeće dokumente:
I. Biljna proizvodnja i proizvodnja hrane za životinje
1. Zapisnik o evidenciji uporabe poljoprivrednog zemljišta;
2. Zahtjev za potporu u tekućoj godini;
3. Evidenciju ekološke proizvodnje: obrazac 10. i/ili 11.;
4. Podatke o kupnji i/ili vlastitoj proizvodnji sjemena i sadnog materijala, zahtjev za odobrenje i odobrenje za korištenje neekološkog reprodukcijskog materijala ili ekološki certifikat za korištenje ekološkog reprodukcijskog materijala;
5. Podatke o korištenju gnojiva i sredstava za poboljšavanje tla na proizvodnim površinama: datum primjene, vrsta i količina i stanje na skladištu;
6. Račune za repromaterijal, otpremnice i sl.;
7. Podatke o plodoredu;
8. Podatke o urodu ekoloških kultura ili kulture koja je u prijelaznom razdoblju: datum, vrsta i količina;
9. Podatke o označavanju proizvoda;
10. Plan i izvršenje preventivnih mjera;
11. Plan i izvršenje mjera predostrožnosti.
II. Stočarska proizvodnja
1. Popis stoke iz HAPIH-a;
2. Dokumentacija i kupnji i prodaji stoke;
3. Evidencije o liječenju i provedenom cijepljenju;
4. Podatke o objektima;
5. Evidenciju o čišćenju i dezinfekciji objekata;
6. Hranidbene norme i utrošak krme za stočarsku proizvodnju vrsta, pasmina, brojno stanje, vrsta krmiva, zimsko hranidbeno razdoblje:dnevni obrok (kg/grlu/danu), datum od-do; ljetno hranidbeno razdoblje:dnevni obrok (kg/grlu/danu), datum od-do; porijeklo;
7. Podatke o načinu zbrinjavanja i raspoređivanja stajskog gnoja;
8. Ugovor sa drugim ekološkim gospodarstvom s ciljem raspoređivanja suvišnog gnoja ukoliko je proizvedena količina dušika veća od 170 kg/ha/godišnje;
9. Stanje na skladištu hrane za životinje;
10. Podatke o broju i vrsti košnica;
11. Zemljovid u odgovarajućem mjerilu u kojem je lokacija pčelinjaka;
12. Podatke o pčelinjem vosku i ekološki certifikat za isti;
13. Evidenciju korištenja hrane u vrsta proizvoda, datum, količina, košnice u kojima se koristi hrana;
14. Sprečavanje bolesti i evidenciju liječenja u pčelarstvu;
15. podatke o zaštiti okvira, košnica i saća;
16. Podatke o uništavanju roja trutova;
17. Evidenciju postupka vrcanja meda u pčelarstvu vrijeme vrcanja meda, postupak vrcanja meda, prerada, količina pčelarskih proizvoda, čuvanje pčelarskih proizvoda, odstranjivanje dijelova košnica u kojima je med;
18. Podatke o označavanju košnica u kojima je provedeno veterinarsko liječenje;
19. Podatke o označavanju proizvoda;
20. Stanje na skladištu meda;
21. Plan i izvršenje mjera predostrožnosti.
III. Priprema prerađenih proizvoda
1. Rješenje o registraciji subjekta;
2. Rješenje o vlasništvu ili ugovor o najmu objekta;
3. Rješenje o općem upisniku;
4. Rješenje o minimalnim tehničkim uvjetima;
5. Popis linija za preradu i tehnologiju prerade;
6. Dnevnik prerade;
7. Račune za sirovine, otpremnice i sl.;
8. Izjave o recepturi;
9. Evidenciju mjera čišćenja;
10. Stanje na skladištu prerađenih proizvoda;
11. Podatke o označavanju proizvoda;
12. Vlastiti postupak procjene rizika;
13. Popis podugovaratelja;
14. Plan i izvršenje mjera predostrožnosti.
IV. Distribucija/trgovina/skladištenje
1. Rješenje o registraciji subjekta;
2. Rješenje o vlasništvu ili ugovor o najmu objekta;
3. Rješenje o općem upisniku;
4. Rješenje o minimalnim tehničkim uvjetima;
5. Popis proizvoda za distribuciju/trgovinu/skladištenje;
6. Dnevnik distribucije/trgovine/skladištenja;
7. Porijeklo, količina i vrste proizvoda;
8. Ekološke certifikate za proizvode;
9. Podatke o stanju na skladištu;
10. Podatke o čišćenju i dezinfekciji objekata;
11. Podatke o označavanju proizvoda;
12. Plan i izvršenje mjera predostrožnosti.